Karamelo

参考资料

Karamelo的网址为 https://github.com/adevaucorbeil/karamelo ，有两篇文章非常详细介绍了MPM方法和软件开发，分别为：

Karamelo的程序文档为 https://adevaucorbeil.github.io/karamelo/html/index.html　。

编译安装

在Karamelo的程序文档 https://adevaucorbeil.github.io/karamelo/html/index.html　中的Getting started中有Karamelo编译安装的详细介绍，在 FENGSim/toolkit/MultiX/extern/Karamelo 路径下的install安装脚本就是 根据Getting started写的。Karamelo还有额外的第三方依赖库matplotlib-cpp和gzstream，保存在 FENGSim/toolkit/MultiX/extern/Karamelo/third-party 路径下。

按照如下操作在FENGSim中编译Karamelo。

  • 首先克隆FENGSim。

    git clone https://github.com/OpenDigitalTwin-Dev/FENGSim.git

  • 再将MultiX克隆到 FENGSim/toolkit 路径下。

    cd FENGSim/toolkit
git clone https://github.com/OpenDigitalTwin-Dev/MultiX.git

  • 在 FENGSim/toolkit/MultiX/extern/Karamelo 中有一个install脚本，直接运行该脚本可以在Ubuntu24.04下编译Karamelo，无需其他操作。

    cd FENGSim/toolkit/MultiX/extern/Karamelo
./install

还有一个uninstall脚本可以删除。

算例测试

在 FENGSim/starter/karamelo/ex_1 路径下保存了算例two-disks.mpm，按照如下命令操作执行。

cd FENGSim/starter/karamelo/ex_1
./../../../toolkit/MultiX/extern/Karamelo/build/karamelo -i two-disks.mpm

在 FENGSim/starter/karamelo/ex_1 路径下会产生dump_p.*.LAMMPS系列结果文件。 OVITO是一个专业的粒子仿真可视化软件，保存在 FENGSim/toolkit/MultiX/extern/Karamelo/ovito-basic-3.10.6-x86_64/bin/ 路径下，按照如下命令操作执行，查看结果文件。

cd FENGSim/starter/karamelo/ex_1
./../../../toolkit/MultiX/extern/Karamelo/ovito-basic-3.10.6-x86_64/bin/ovito &

用OVITO打开dump_p.*.LAMMPS的文件，可以查看结果动画。

alternate text

如果采用了并行计算，每个进程会单独生成结果文件，用Python脚本可以将所有进程文件合并起来，OVITO其实也具备这个功能，但是需要付费的专业版本。按照如下命令执行并行操作。

cd FENGSim/starter/karamelo/ex_1
mpirun -np 2 ./../../../toolkit/MultiX/extern/Karamelo/build/karamelo -i two-disks.mpm

由于采用了２个进程并行，在 FENGSim/starter/karamelo/ex_1 路径下会产生dump_g.proc-0.*.LAMMPS和dump_g.proc-1.*.LAMMPS两个系列结果文件，按照如下命令执行合并操作。

cd FENGSim/starter/karamelo/ex_1
python3 ../../../toolkit/MultiX/extern/Karamelo/ovito_merge_dumps.py

在 FENGSim/starter/karamelo/ex_1 路径下会产生dump.*.dump系列结果文件，可以用OVITO打开查看结果动画。

前后处理